عمل القارئ الشيخ إبراهيم الأخضر في بداية مسيرته العملية مدرساً في التعليم الصناعي، ثم معلما بمدرسة أبي بن كعب لتحفيظ القرآن الكريم في المدينة المنورة، بعدها إنتقال للإمامة في المسجد الحرام، ثم عين كأستاذ مساعد في كلية القرآن الكريم وكلية الدعوة بالجامعة الإسلامية بالمدينة المنورة، ثم مدرسا بالمعهد العلمي للدعوة الإسلامية بجامعة الإمام. وقد شارك منذ عام 1406هـ بإمامة المسجد النبوي لمدة تسع أعوام.